Sau khi không làm trọng tài nữa, Stanley Rous chuyển sang quản lý bóng đá, làm thư ký của liên đoàn bóng đá từ 1934 đến 1962 và trở thành chủ tịch FIFA vào năm 1961 sau cái chết của người tiền nhiệm Arthur Drewry. Ông giữ chức vụ này đến năm 1974 sau khi bị João Havelange đánh bại trong cuộc bầu cử chủ tịch FIFA. Ông đã viết lại những đạo luật của bóng đá, làm bóng đá trở nên công bằng hơn.